Komórki zwierzęce zawierają struktury, takie jak lizosomy i centriole, których komórki roślinne nie zawierają. Komórki zwierzęce są na ogół mniejsze i mają większą różnorodność kształtu niż komórki roślinne.
Zarówno komórki zwierzęce, jak i roślinne są eukariotyczne, co oznacza, że mają one jądro i organelle związane z błoną. Jednak komórki zwierzęce i roślinne mają kilka różnic w strukturze, które odzwierciedlają ich różne funkcje. Komórki zwierzęce zawierają lizosomy, organelle, które trawią duże cząsteczki. W większości komórek roślinnych, pęcherzyki, a nie lizosomy, są odpowiedzialne za rozkładanie makrocząsteczek. Komórki zwierzęce zawierają również wakuole, ale tam, gdzie komórki roślinne często mają pojedynczą dużą wakuolę, większość komórek zwierzęcych zawiera kilka małych.
Podczas podziału komórki komórki zwierzęce polegają na centriolach w celu organizacji i regulacji, ponieważ chromosomy tworzą linię podziału; w komórkach roślinnych brakuje organelli w kształcie walca. Ponieważ w komórkach zwierzęcych brakuje sztywnej ściany komórkowej komórek roślinnych, mających tylko elastyczną błonę komórkową, mają one znacznie większą różnorodność kształtu. Oznacza to również, że komórki zwierzęce opierają się na wewnętrznych strukturach wsparcia komórkowego, zamiast zyskać wsparcie ze ściany komórkowej.
Zarówno komórki roślinne jak i zwierzęce muszą magazynować energię, ale osiągają to na różne sposoby. Komórki zwierzęce wykorzystują złożony węglowodan, glikogen, do magazynowania energii, podczas gdy komórki roślin magazynują energię w postaci skrobi.
