Homary oddychają przez skrzela, które znajdują się w strukturze zwanej karapakiem. Pancerz znajduje się w górnej części głowotułów, który jest powszechnie określany jako głowa homara. Jest 20 par skrzeli, które są podzielone na dwie komory rozgałęzione wewnątrz pancerza. Skrzela składają się z krótkich, drobnych włókien, które pochłaniają tlen bezpośrednio z wody.
Woda wpływa do ciała homara przez otwory w dolnej części jego ciała. Woda przepuszczana jest przez komory oddziału za pomocą struktury zwanej prasą do skrzelu lub spustu. Prąd wody, który normalnie płynie w kierunku głowy homara, może zostać odwrócony, aby usunąć z niego skrzela i komory odgałęzione. Przepływ wody odprowadza również mocz, który zawiera sygnały biochemiczne dotyczące płci, stanu reprodukcyjnego i stadium molowania danej osoby.
Skrzela homara są bardzo wrażliwe na choroby środowiskowe, takie jak wapnienie wydzielnicze, które powoduje gromadzenie się minerałów na skrzelach, według Wikipedii. To ostatecznie zabija homara, ponieważ blokuje pobieranie tlenu z wody. Wybuch tej choroby nastąpił w 2002 r. W Long Island Sound, który został prawdopodobnie spowodowany przez cieplejsze temperatury wody w pobliżu dna oceanu, które jest naturalnym środowiskiem homara.
