Kwaśny deszcz o pH 1,0 i niższym wpływa na kiełkowanie nasion przez opóźnianie procesu kiełkowania. Niektóre nasiona są bardziej odporne na działanie kwaśnych deszczów niż inne.
Kwaśne deszcze są szkodliwe dla roślin na wszystkich etapach wzrostu. Na szybkość kiełkowania, szybkość kiełkowania, długość korzenia i wiele innych czynników wzrostu negatywnie wpływają kwaśne deszcze. Kwaśny deszcz zwiększa ilość toksyn w glebie i otaczającej atmosferze. Wolne ołowie, aluminium, miedź i inne toksyczne metale są bardziej rozpowszechnione w glebie z obecnością kwaśnych deszczów. Kwaśny deszcz obniża również równowagę pH gleby, co wpływa na populację mikroorganizmów, które rozkładają materiał organiczny. Ponieważ proces ten jest niezbędny do uwolnienia składników odżywczych do gleby, powoduje to mniej składników odżywczych dla wzrostu rośliny. Dodatkowo kwaśne deszcze powodują uszkodzenie ochronnej woskowej powłoki na liściach. Kiedy powłoka ochronna zostanie uszkodzona, tracona jest cenna wilgoć. Kwas zastępuje część wody w roślinie, uszkadzając zdolność rośliny do wydajnej fotosyntetyzacji. Uszkodzenie woskowatej powłoki na liściach rośliny spowodowane kwaśnymi deszczami również sprawia, że roślina jest bardziej podatna na zimno.
