Eutrofizacja ekosystemu wodnego może zostać spowolniona lub odwrócona poprzez spowolnienie dodawania składników odżywczych do systemu. Źródła nadmiernych ilości składników odżywczych mogą być fizycznie zablokowane przed wejściem do dotkniętego ekosystemu. Alternatywnie źródła te można leczyć w celu usunięcia składników odżywczych w punkcie przed zagrożonym ekosystemem.
Zbiorniki wodne stają się eutroficzne ze względu na wzrost dostępnych składników pokarmowych, najczęściej fosforu i azotu. Niektóre strumienie odpadów o wysokiej zawartości składników odżywczych trafiają przypadkowo do jezior i rzek; inne są celowo wyrzucane jako środek unieszkodliwiania niechcianych materiałów. Powszechnymi źródłami substancji odżywczych są odchody rolnicze i odpady nawozowe oraz ścieki komunalne.
Praktyki rolnicze, takie jak ograniczenie uprawy roli, zmniejszenie stosowania nawozów i przycinanie pokrywy, pomagają zminimalizować ilość spływającego nawozu. Ogrodzenia i wegetatywne strefy buforowe dodatkowo zapobiegają przedostawaniu się gleby i rozpuszczalnych w wodzie nawozów z pól uprawnych do jezior i strumieni. Zasobniki pochodzenia rolniczego, które są odpowiednio zakonserwowane, poddawane odpowiedniej obróbce i zarządzane, a które nie płyną bezpośrednio do jezior i rzek, dodatkowo zapobiegają eutrofizacji. Ważne jest również, aby bydło i inne zwierzęta hodowlane nie mogły wypasać w pobliżu lub przechodzić przez rzeki i strumienie. Prywatny właściciel domu może zmniejszyć ilość używanego nawozu trawnikowego i używać produktów do pielęgnacji traw o niskiej zawartości fosforanów.
