Psy mają 39 par chromosomów, w sumie 78. To działa na 76 autosomów i dwóch chromosomów płci. Podobnie jak w przypadku innych ssaków, kariotypem samców jest XY, natomiast kariotyp kobiety to XX.
Chociaż psy mają 39 par chromosomów (w porównaniu do 23 par dla ludzi), psy mają ogólnie mniej genów. Naukowcy przeprowadzający sekwencjonowanie genomu psa zidentyfikowali około 19 000 genów psów w porównaniu z 25 000 lub więcej genów w ludzkim genomie. Pomimo posiadania o 6 000 genów mniej niż ludzi, psy wykazują różnorodne fenotypy, od zwierząt tak dużych, jak dog niemiecki czy św. Bernard, do zabawek psów ważących nie więcej niż kilka funtów. Genetycy uważają, że genom psa może być szczególnie podatny na duplikacje genów i rearanżacje chromosomów w porównaniu z genomami ludzi i innych ssaków.
