Życie na Mayflower było nieprzyjemne i trudne, ponieważ 66-dniowa podróż była pełna silnych atlantyckich burz i konfliktów między pasażerami. Wielu protestanckich pielgrzymów denerwowało załogę i innych pasażerów próbując wymuszać swoją religię na innych, co doprowadziło do konfliktu na pokładzie statku. Motyle, szkorbut i inne choroby morza były powszechne.
Nieostrożne mórz Atlantyku w drugiej połowie podróży Mayflowera odbiło się szczególnie na załodze i pasażerach. Ponieważ ci, którzy wybrali się na pokład, ryzykowali wyrzuceniem za burtę podczas niepogody, większość pasażerów pozostała pod pokładem przez większą część podróży. Rodziny ustawiały separatory prywatności w ciasnych pomieszczeniach, ale niskie sufity i ciemne, wilgotne warunki sprawiały, że sytuacja życiowa była bardzo niewygodna.
Pielgrzymi protestanccy stanowili mniejszość na Mayflower, licząc tylko 41 ze 102 pasażerów. Na początku podróży pielgrzymi usiłowali narzucić swoje przekonania religijne swoim towarzyszom, którzy z powodu swojego oporu patrzyli z podejrzeniem. Ostatecznie obie grupy zdały sobie sprawę, że współpraca była jedynym sposobem na przetrwanie rejsu i pomyślnego rozwoju w nowym świecie. Podpisali oni Mayflower Compact, aby utworzyć organizację obywatelską. Porozumienie stało się jednym z prekursorów współczesnych rządów demokratycznych i posłużyło za szablon dla późniejszego rządu w obu Amerykach.
