Po przeniesieniu promieni powstałe światło jest mierzone i rejestrowane na wykresie za pomocą spektrofotometru. W zależności od struktury chemicznej substancji można absorbować zmienną ilość długości fali. Spektrofotometria w ultrafiolecie nie jest wyjątkowo dokładna, ale pozwala znacznie zawęzić możliwości. Spektrofotometria w podczerwieni jest znacznie dokładniejsza, ponieważ wszystkie uzyskane wzory długości fal są unikalne. Tradycyjny proces spektrofotometryczny polega na identyfikacji nieznanych substancji, najpierw za pomocą promieni ultrafioletowych, aby zawęzić listę możliwości. Następnie monitoruje promieniowanie podczerwone, aby pozytywnie zidentyfikować substancję chemiczną.
Spektrofotometr zazwyczaj zawiera źródło światła o znanej długości fali, miejsce do przechowywania próbki chemicznej oraz układ soczewek i fotokomórek, które mierzą światło padające na próbkę w świetle przechodzącym światło. Ogólnie rzecz biorąc, zmniejszenie ilości światła przechodzącego przez substancję sugeruje istnienie materiałów, które pobierają światło o znanej długości fali.
