Dominującą religią kolonii w Nowej Anglii było chrześcijaństwo, ale wzdłuż wyraźnie odmiennych linii do Kościoła anglikańskiego (lub Kościoła anglikańskiego), że osadnicy uciekli. Purytańskie podejście do chrześcijaństwa było na odległość ich praktyki z katolicyzmu, zadanie, które uznali za anglikanizm. W szczególności odrzucili biskupią (hierarchiczną) strukturę Kościoła anglikańskiego, ze swoim rankingiem wikariuszy, biskupów i arcybiskupów, i starali się zamiast tego wprowadzić strukturę kongregacjonalistyczną, dzięki której każdy kościół lub zbór byłby mniej lub bardziej niezależny i samorządny. .
Ta kongregacjonalistyczna struktura pozwoliła kościołom na ustalanie własnych podatków i zatrudnianie, a także pożar, własnych ministrów. Byli także wysoce selektywni w zakresie członkostwa, pomimo faktu, że obecność w kościele była obowiązkowa. Wysokie standardy Kościoła purytańskiego sprawiły, że przetrwanie pokoleń było trudne, a przywódcy kościelni zostali zmuszeni do złagodzenia swoich wymagań za pomocą "Przymierza w połowie drogi" w 1662 r. Pozwoliło to dzieciom ochrzczonym, które odmówiły składania zeznań, aby uzyskać częściowe członkostwo , ale nie świętość, która pozwoliłaby im głosować w sprawach kościelnych i przyjmować komunię.
Religijnie idealistyczni purytanie byli również znani jako Non-Separatists, aby odróżnić ich od bardziej ekstremalnej, choć znacznie mniejszej grupy reformistów kościelnych znanych jako Separatystów. Ta grupa, być może bardziej znana jako Pielgrzymi z Plymouth Colony, przybyła przed purytanami, szukając daleko bardziej ekstremalnego oderwania od tradycji Kościoła anglikańskiego.
