Średnie kolonie przyjęły zróżnicowaną mieszankę religii, w skład której wchodzili: kwakrzy, luteranie, prezbiterianie, amish, kongregacjoniści i żydzi. Z powodu różnych mistrzów kolonialnych w tym regionie, tradycje religijne z wielu krajów europejskich istniały w strefa. Środkowe kolonie obejmowały Nowy Jork, New Jersey i Pensylwanię.
Prawdopodobnie najbardziej tolerancyjni ze Średnich Kolonii był Pennsylvania. Został założony przez Williama Penna, wybitnego kwakra, który wyobrażał go sobie jako schronienie nie tylko dla kwakrów, ale także dla ludzi wszystkich prześladowanych mniejszości religijnych. Pensylwanii przyciąga kolonistów z wielu tradycji religijnych, w tym Mennonitów i Amish, którzy nadal przyczyniają się do różnorodności krajobrazu religijnego tego obszaru. Pozostałe kolonie także były różnorodne, ale żadna z nich nie była tak aktywna, jak w Pensylwanii.
