Funkcją ładowania barwnika w elektroforezie jest umożliwienie zanurzenia próbki DNA w dołkach żelu i umożliwienie naukowcom wizualnego śledzenia próbki DNA podczas jej przechodzenia przez żel. Elektroforeza żelowa to metoda stosowana przez naukowców do oddzielania DNA w różne pasma wielkości. Ładowanie barwnika powoduje, że próbka DNA jest gęstsza niż bufor roboczy.
Różnica w gęstości powoduje, że próbka DNA tonie w dnie studzienki i zapobiega przenikaniu próbki do bufora. Ładowanie barwników składa się z barwników śledzących, które migrują z próbkami DNA. Glicerol i błękit bromofenolowy to powszechna mieszanina stosowana do tworzenia bufora ładującego. Glicerol wiąże się z DNA i czyni go cięższym, podczas gdy błękit bromofenolowy plami DNA. Roztwór bromku etydyny jest zwykle stosowany podczas prowadzenia elektroforezy żelowej. Bromek etydyny jest substancją chemiczną widoczną w świetle ultrafioletowym. Bromek etydyny i inne barwniki fluorescencyjne wiążą się z próbkami DNA i świecą po umieszczeniu w transiluminatorze. Ilość stosowanego barwnika jest kluczowa przy prowadzeniu elektroforezy żelowej. Specyficzne barwniki korelują z pewnymi wielkościami pasm w próbkach DNA. Zbyt dużo lub za mało barwnika może zasłonić oczekiwany rozmiar próbki DNA.
