Zatoka Botnicka znajduje się pomiędzy Szwecją i Finlandią. Jest częścią Morza Bałtyckiego, śródziemnomorskiego zbiornika wodnego, który składa się zarówno ze świeżej, jak i słonej wody.
Zatoka Botnicka jest północną częścią Morza Bałtyckiego i składa się w 80 procentach z wody słodkiej i 20 procent z wody morskiej. W miesiącach zimowych jest podatny na oblodzenie. Najbardziej wysuniętą na północ częścią Zatoki Botnickiej jest zatoka Bothnia, natomiast obszar południowy to Morze Botnickie.
Inne części Morza Bałtyckiego to Zatokę Ryską na wschodzie, Zatokę Fińską na północnym wschodzie, Północny Bałtyk, Zatoki Gdańskie i Pomorze na południu, Zatokę Kilońską na zachodzie i Bałtyk Właściwa.
