Główna różnica między cząsteczkami polarnymi i niepolarnymi polega na ułożeniu atomów w cząsteczce. Dodatkowo, cząsteczki polarne mają ładunek elektryczny, podczas gdy niepolarne cząsteczki nie mają ładunku elektrycznego, wyjaśnia School-For-Champions.com.
W cząsteczkach polarnych występuje nierównomierny rozkład elektronów wokół cząsteczki. Gdy jedna strona cząsteczki ma więcej atomów lub elektronów niż druga strona, dodatni ładunek elektryczny i ujemny ładunek elektryczny. W cząsteczkach niepolarnych istnieje równomierny rozkład elektronów wokół cząsteczki, więc ładunki znoszą się nawzajem. Woda jest częstym przykładem cząsteczki polarnej.
Cząsteczka wody jest ułożona w taki sposób, że wokół cząsteczek tlenu są nadmiar elektronów i brak lub niedobór ładunków wokół cząsteczki wodoru. Amoniak, siarkowodór i dwutlenek siarki to jeszcze kilka przykładów molekuł polarnych. Dwutlenek węgla jest powszechnym przykładem niepolarnej cząsteczki. Cząsteczka dwutlenku węgla nie ma ładunku, ponieważ elektrony są równomiernie rozmieszczone wokół cząsteczki węgla i cząsteczek tlenu. Benzyna i toluen to kilka przykładów niepolarnych molekuł ciekłych. Hel i neon są przykładami niepolarnych cząsteczek gazu.