Niecałkowita dominacja, znana również jako dominacja częściowa, ma miejsce, gdy dwa allele produkują białko, ale nie funkcjonuje tak, jak powinien. W niektórych przypadkach sytuacja ta nie dotyczy osoby, innym razem jest to główna przyczyna wad wrodzonych lub śmierci niemowląt.
Ten rodzaj ekspresji genów może być trudniejszy do zaobserwowania u ludzi niż w innych organizmach. Typowym przykładem używanym do pokazania niekompletnej dominacji jest kolor liści lwiej paszczy. Kiedy geny czerwonego i białego kwiatu są ze sobą połączone, istnieje jeden gen dla czerwonych kwiatów i jeden dla białych. Wyrażenie niekompletnej dominacji widać, gdy kwiaty, które kwitną, stają się różowe.