Komórki eukariotyczne różnią się od komórek prokariotycznych pod wieloma względami, zwłaszcza pod względem wielkości, złożoności i kooperatywnego zachowania. Podział na eukarioty i prokarionty jest najgłębszym podziałem w przyrodzie, z dwoma kategoriami życia sklasyfikowanymi jako prokariotyczna i tylko jedna grupa eukariotów.
Wszystkie komórki zwierzęce, roślinne, grzybowe i protista są eukariotyczne. Ich materiał genetyczny jest zawarty w dyskretnym jądrze, a w cytoplazmie znajdują się możliwe do zidentyfikowania organelle i inne struktury. Eukarionty również wydają się być wielokrotnie większe niż prokarioty. Komórki prokariotyczne pozbawione są jądra i organelli, a ich materiał genetyczny składa się z pojedynczego chromosomu w kształcie pierścienia, a nie z wielu liniowych chromosomów eukariotycznych. Ściany komórek prokariotycznych nie zawierają białek transportowych i innych struktur użytecznych do sygnalizowania.
Behawioralnie dwa typy komórek są bardzo różne. Organizmy prokariotyczne rozmnażają się w procesie znanym jako koniugacja, w którym dwie komórki po prostu przekazują sobie nawzajem jakiś materiał genetyczny, który unosił się swobodnie w komórce. Organizmy eukariotyczne rozmnażają się poprzez mejozę, która jest znacznie bardziej skomplikowaną formą podziału komórek, która oddziela całe nici DNA i przekazuje połowę z niego wraz z potomstwem.
Inną ważną różnicą między tymi dwoma typami jest stopień, w jakim pracują razem. Podczas gdy niektóre prokarioty żyją w społeczności, tylko eukarioty rozwinęły prawdziwą wielokomórkowość. Wszystkie duże organizmy na Ziemi to eukarionty, a wszystkie są ze sobą blisko spokrewnione, a nie z prokariontem.
