Czynnikami abiotycznymi estuarium są głębokość wody, zasolenie, składniki odżywcze, temperatura powietrza i wody, pH wody, rozpuszczony tlen i zmętnienie lub zmętnienie. Substancje odżywcze to substancje w wodzie, takie jak jako azot i fosfor, dostępne dla organizmów jako żywność.
Ujście to ekosystem, w którym ujście rzeki lub strumienia napotyka morską falę. Czynnikiem abiotycznym jest nieożywiona część ekosystemu. Aby określić stan zdrowia estuariów, naukowcy monitorują zarówno czynniki abiotyczne, jak i czynniki żywe lub biotyczne.
pH mierzy kwasowość lub zasadowość. Wartość pH 7 jest neutralna. Wartości większe niż 7 są alkaliczne, a mniej niż 7 ma odczyn kwaśny. Jeśli woda jest zbyt kwaśna lub zbyt zasadowa, niektóre rodzaje organizmów nie rozwijają się.
Estuaria stanowią główne miejsce w cyklu składników odżywczych w przyrodzie, dzięki któremu wiele elementów jest dostępnych dla organizmów jako żywność. W zdrowym estuarium elementy pozostają w równowadze. Na przykład za dużo azotu i liczby glonów mogą wybuchnąć, użyć nadmiaru składników odżywczych, a następnie umrzeć i zużywać zbyt dużo tlenu, ponieważ ulegają rozkładowi. Gdy glony zużywają zbyt dużo pokarmu i tlenu, mogą odmówić im dostępu do innych organizmów. Również zakwity glonów powodują wzrost pH. Jeśli kwiat jest ciężki, wzrost pH może zabić zwierzęta wodne.
Mętność jest miarą zawiesiny w wodzie. Jeśli woda jest zbyt mętna, niewielkie lub żadne światło słoneczne nie może przedostać się do odżywczych roślin wodnych, które żywią się innymi organizmami i które wykonują niezbędne zadania
dotleniając wodę.
