Warstwowa struktura tropikalnego lasu deszczowego obejmuje dno lasu, podszyt, baldachim i wschodzącą warstwę. Każda warstwa zawiera inną florę i faunę unikalną dla swojego środowiska. Podstawową różnicą między tymi warstwami jest ilość światła słonecznego, które otrzymują. Według BBC, górne warstwy są skąpane w słońcu, ale podłoga lasu jest prawie całkowicie ciemna.
Podłoga lasu deszczowego ma niewielką roślinność, ponieważ jest to wyjątkowo ciemne środowisko. To przyciąga niektóre duże ssaki lądowe, które nie mogą latać, nory czy wspinać się na drzewa. Kultury ludzkie zamieszkujące lasy deszczowe również zamieszkują dno lasu.
BBC wyjaśnia, że druga warstwa lasu deszczowego to podszyta, cienista strefa wypełniona cieniującymi drzewami, krzewami i winoroślami. Jego mieszkańcy to setki gatunków ptaków, owadów, węży, pajęczaków i gryzoni. Większe zwierzęta, takie jak lamparty, również żyją w podszyciu.
Warstwa czaszy otrzymuje o wiele więcej światła słonecznego niż podszycie i dno lasu. Niektóre z jego roślin mają korzenie w podkowach. Czasza jest wyjątkowo gęsta i pozwala tylko niewielkiej części światła słonecznego przejść do dolnych warstw lasu deszczowego.
Wyłaniające się krypty nad baldachimem i zawierające najwyższe drzewa w lesie deszczowym. Żyjące w nim zwierzęta to duże ptaki i małe gryzonie.