Temperatura w ujściu rzeki różni się w zależności od pory roku i ujścia rzeki. Na przykład estuarium Aln w Anglii ma średni zakres temperatur od 13 do 17 stopni Celsjusza lub od 55 do 63 stopni Fahrenheita. Temperatura estuarium często koreluje z kondycją biomu.
Rozpuszczony tlen jest niezbędny do życia w ujściach rzek. Im wyższa temperatura estuarium, tym mniej rozpuszczonego tlenu jest dostępny w ekosystemie. Na przykład wzrost temperatury o około 14 stopni Celsjusza może zmniejszyć ilość rozpuszczonego tlenu o nieco mniej niż połowę mg na litr. Różne rośliny i zwierzęta są w stanie dostosować się do warunków estuarium w oparciu o ich wrodzone mechanizmy biologiczne.
