Dwie grupy funkcyjne zawsze występujące w aminokwasach to grupy karboksylowe i aminowe. Obie grupy są kwaśne. Wiązanie peptydowe występuje, gdy grupa karboksylowa jednego aminokwasu przyłącza się do końca aminowego innej.
Grupa karboksylowa składa się z jednego atomu węgla, dwóch atomów tlenu i jednego atomu wodoru. Grupa aminowa składa się z jednego atomu azotu i dwóch atomów wodoru. Grupy karboksylowe i aminowe leżą na przeciwległych końcach aminokwasu.
Dwa aminokwasy tworzą połączenie peptydu lub amidu. Amino i karboksylowe końce dwóch aminokwasów łączą się, a azot grupy aminowej wiąże się z węglem na grupie karboksylowej. Wodory w grupie aminowej i tlen w grupie karboksylowej łączą się, tworząc cząsteczkę wody.
