Istnieją cztery tryby odżywiania dla królestwa Eubacteria: fotoautotrofy, chemoautotrofy, fotoheterotrofy i chemoheterotrofy. Każda z nich ma inną kombinację sposobów, w jakie uzyskują energię i węgiel.
Fototrofile to organizmy, które podobnie jak rośliny przetwarzają fotosyntezę, wykorzystując światło do generowania energii i dwutlenku węgla do generowania związków węgla. Chemoautotrofy również wykorzystują dwutlenek węgla do wytwarzania związków węgla, ale zamiast nie światła stosują nieorganiczne chemikalia jako źródła energii. Fotocherotrofy uzyskują energię ze światła słonecznego, ale również pochłaniają organiczne związki węgla jako źródło węgla. Chemoheterotrofy uzyskują zarówno swoją energię, jak i węgiel poprzez spożywanie organicznych chemikaliów. W każdym razie, podczas wytwarzania energii przez metabolizowanie chemikaliów, źródło energii można nazwać dawcą elektronów, a przetwarzanie tego dawcy zwykle wymaga akceptora elektronów, najczęściej tlenu.
Bakterie, które polegają na przyjmowaniu chemikaliów do celów energetycznych, mogą być zależne od tlenu lub mogą używać innych akceptorów elektronów. Bakterie, które wytwarzają energię ze związków chemicznych bez tlenu, wykorzystują beztlenowe oddychanie lub fermentację. Oddychanie beztlenowe wymaga użycia alternatywnych akceptorów elektronów, takich jak azotany, siarczany lub dwutlenek węgla. Bakterie, które do wytwarzania energii wykorzystują związki nieorganiczne, mogą również powszechnie stosować wodór, tlenek węgla, amoniak lub zredukowane metale. Fermentacja nie wykorzystuje żadnego alternatywnego akceptora elektronów, zamiast tego wytwarza produkty odpadowe, takie jak etanol lub kwas mlekowy.
