We współczesnej biologii istnieją trzy podejścia do klasyfikacji organizmów: systematyka, kladystyka i ewolucyjna taksonomia molekularna. Wszystkie opierają się na relacji między organizmami, ale używają różnych wskaźników, aby przypisać stopień związku.
Nowoczesna taksonomia, czyli system klasyfikacji, pochodzi z XVIII wieku, z prac szwedzkiego botanika Carolusa Linnaeusa. Sklasyfikował istoty żywe w oparciu o podobieństwa między nimi. Organizmy, które mogły krzyżować się zostały umieszczone w jednym gatunku. Istnieją poziomy organizacji powyżej gatunków: rodzaj, do którego należy wiele blisko spokrewnionych gatunków, rodzina, która składa się z pokrewnych rodzajów i porządku, który obejmuje podobne rodziny. Klasa, typ i królestwo to trzy kolejne najwyższe poziomy systemu. Te duże grupy mogą zawierać podgrupy, na przykład subphylum lub być częścią supergrupy, na przykład superklasy.
Kiedy Carolus Linnaeus rozwijał swój system, ewolucja nie była jeszcze faktem naukowym. Gdy naukowcy zaczęli badać, w jaki sposób różne organizmy są ze sobą spokrewnione w oparciu o wspólny przodek, którego dzielą, klasyfikacja również się rozwija. System klasyfikacji filogenetycznej, czyli systematyka, wymienia klany organizmów, uporządkowane na prostokątne diagramy, które mają wspólnego przodka. W kladystyce separacja następuje w momencie, gdy pojawia się cecha, która czyni dany gatunek wyjątkowym. Może to być na przykład pionowe chodzenie dla ludzi. Podobny system ewolucyjnej taksonomii molekularnej koncentruje się na pojawianiu się genetycznych różnic między gatunkami.
