Białka są trawione w żołądku za pomocą wydzielin z trzustki i pęcherzyka żółciowego. Białka nie w pełni strawione w żołądku są trawione w jelicie cienkim.
Białka są trudniejsze do strawienia niż węglowodany, a więc obejmują więcej niż jeden organ trawienny. Enzym pepsyny jest niezbędny do trawienia białka w żołądku i powstaje, gdy białko pepsynogenu wchodzi w kontakt z kwasem chlorowodorowym. Pepsyna rozkłada spożyte białka na aminokwasy do stosowania w organizmie. Trzustka, w połączeniu z żołądkiem, wykorzystuje enzymy trypsynę i karboksypeptydazę do dalszego rozbijania przyjmowanych białek w dwunastnicy. Wszelkie pozostałe białka są następnie w pełni trawione w jelicie cienkim.
