Po przejściu pokarmu z żołądka do dwunastnicy, pierwszej części jelita cienkiego, łączy się z żółcią z pęcherzyka żółciowego i soków trawiennych z trzustki. Jelita kurczą się i relaksują przez perystaltykę działanie polegające na mieszaniu tych substancji z pożywieniem w celu ułatwienia trawienia.
W dwunastnicy składniki odżywcze z pożywienia, zwłaszcza żelaza i wapnia, zaczynają być wchłaniane przez organizm. Żelazo musi mieć kwaśne środowisko dla właściwej absorpcji. Leki zobojętniające kwas hamują ten proces. Zaabsorbowanie zbyt małej ilości żelaza może spowodować anemię. Jeśli spożycie wapnia jest niskie, jego wchłanianie rozpoczyna się w dwunastnicy. Potrzebna jest do tego witamina D.
