Kwaśny deszcz może spowodować natychmiastowe uszkodzenie komórek roślin i zwierząt, jak również długotrwałe skutki resztkowego uszkodzenia w przyszłości. Najczęściej żywe komórki wymagają zrównoważonego poziomu pH, aby rosnąć i podziel prawidłowo. Kwaśne deszcze mogą obniżać poziom pH komórki, przerywając typowe funkcjonowanie mitoz.
Zanieczyszczenie powietrza prowadzi do nagromadzenia dwutlenku węgla w atmosferze, które powoduje kwaśne deszcze, gdy nadmiar dwutlenku węgla łączy się z cząsteczkami pary wodnej. Rezultatem jest wytrącanie przy niskim poziomie pH. Wiele roślin i zwierząt jest wrażliwych na kwasowość i może doznać obrażeń, jeśli poziom pH spadnie zbyt wysoko poniżej wartości neutralnej.
W szczególności młode rośliny są podatne na uszkodzenia spowodowane kwaśnymi deszczami, ponieważ korzonki i pędy liści są szczególnie delikatnymi strukturami. Może to natychmiast przerwać wzrost roślin, uniemożliwiając roślinie podział komórek i uzyskanie masy.
Ponieważ krajobraz jest narażony na kwaśne deszcze, te kwaśne chemikalia mogą zakłócać przepływ składników odżywczych do życia roślin, destabilizując lokalny ekosystem. Kiedy lokalne rośliny walczą o przetrwanie i wzrost, zwierzęta, które żywią się nimi, widzą własne źródła składników odżywczych. Obszary, w których kwaśne deszcze są powszechne, zwykle mają warunki glebowe o niskim pH, co często uniemożliwia wzrost i przetrwanie niektórych roślin. W rezultacie, lokalne zwierzęta muszą albo rozwijać nowe nawyki żywieniowe, albo uciekać w obszary bardziej odpowiednie do ich potrzeb żywieniowych.
