Czynniki abiotyczne to nieożywione części ekosystemu. Abiotyczne czynniki Antarktydy to niskie temperatury, niewielka ilość opadów i polarna pokrywa lodowa. Czynniki abiotyczne współdziałają z czynnikami biotycznymi lub żywymi, aby kształtować ekosystem.
Antarktyda to polarna pustynia. Otrzymuje mniej niż 50 milimetrów opadów rocznie, a wilgotność względna spada nawet do 0,03 procent. Antarktyka utrzymuje swoje pokrywy lodowe w tych warunkach, ponieważ bardzo mało śniegu i lodu topi się lub sublimuje. Zamiast tego gromadzi się z czasem, tworząc grubą warstwę lodu.
Poza siedliskami oceanicznymi i lodowymi Antarktyda ma kwitnący ekosystem podwodnych jezior. Jeziora te są chronione przed zimnem przez pokrywę lodową i nie były wystawione na działanie promieni słonecznych ani otwartego powietrza przez co najmniej 120 000 lat. Według niektórych szacunków naukowych ich formacja sięga miliona lat. Te jeziora stanowią największy nieodkryty ekosystem na świecie, obejmujący 9 procent powierzchni Ziemi.
Archaea i bakterie mają potwierdzone życie w tych jeziorach, a hipotezy na ich temat popierają protistów. Istnieje możliwość, że małe robaki i stawonogi mogą przetrwać w tym ekosystemie, ale zasoby żywności dostępne w jeziorach nie utrzymają większych organizmów.
