Chromatografia jest stosowana w procesach przemysłowych do oczyszczania chemikaliów, testowania pod kątem ilości substancji, oddzielnych chiralnych związków i testowanych produktów do kontroli jakości. Chromatografia jest fizycznym procesem, w którym złożone mieszaniny są rozdzielane lub analizowane . Odbywa się to poprzez przepłukiwanie różnych substancji w różnym tempie w oparciu o absorpcję do różnych ośrodków.
Chromatografia oddziela i analizuje dodatki, witaminy, konserwanty, aminokwasy i białka w żywności w celu określenia wartości odżywczej. Chromatografia umożliwia wykrycie aflatoksyny, substancji rakotwórczej występującej w pleśni rosnącej na orzeszkach ziemnych.
Jednym z szeroko zakrojonych zastosowań chromatografii jest wykrywanie obecności alkoholu we krwi. Proces ten filtruje również leki w moczu i innych płynach ustrojowych. W dziedzinie medycyny sądowej chromatografia może wykrywać śladowe ilości substancji chemicznych w przyspieszaczach lub materiałach wybuchowych.
Przemysł farmaceutyczny znalazł sposoby rozdzielania związków chiralnych za pomocą chromatografii, jak opisuje Encyklopedia Naukowa. Talidomid jest przykładem chiralnego związku z dwoma izomerami, które są identyczne pod każdym względem z wyjątkiem wyrównania cząsteczek. Jeden izomer powoduje defekty wrodzone, a drugi może być stosowany w leczeniu bakterii opornych na leki. Oddzielenie dwóch izomerów tego związku za pomocą chromatografii jest niezwykle ważne, aby utrzymać dobre talidomid przed zanieczyszczeniem złej wersji.
Chromatografia gazowa jest jednym z najczęściej stosowanych procesów chemicznych do oddzielania cieczy, ciał stałych i gazów. Według Linde Group, proces ten polega na wprowadzeniu mieszaniny do strumienia gazu obojętnego. Różne substancje są oddzielone pod względem wielkości, interakcji z innymi mediami i absorpcji do detektorów chemicznych.