Organizmy sklasyfikowane jako archaebakterie mają ściany komórkowe, zawierają kwasy tłuszczowe, mają złożoną polimerazę RNA i mają układy metaboliczne. Te cechy odróżniają archaebakterie od innych organizmów. Niektóre cechy są jednak udostępniane organizmom w innych królestwach, w tym Eukariontach i Bakteriach.
Wszystkie archaebakterie mają ściany komórkowe, ale struktura ścian jest różna w zależności od gatunku. Archaebakterie pozbawione są peptydoglikanu, co odróżnia je od blisko spokrewnionych organizmów w królestwie Bakterie. Archaebakterie mają lipidy błonowe składające się z kwasów tłuszczowych i mają złożoną polimerazę RNA do transkrypcji i kopiowania szablonów DNA do produktów RNA. Archae trawią również za pomocą systemu wewnętrznego metabolizmu, który odbywa się w kilku etapach.
