Pęcherzyki komórek roślinnych służą tym samym ważnym funkcjom przechowywania dla składników odżywczych, wody i odpadów, jak te w komórkach zwierzęcych, ale są znacznie większe, ponieważ zapewniają również sztywność strukturalną w połączeniu ze ściankami komórek rośliny. To jest dlaczego zwyrodniałe rośliny opadają; ich komórki uległy zasadniczej deflacji. Jeśli żyjąca, ale zwiędła roślina po raz kolejny otrzymuje wystarczającą ilość wody, odzyskuje swoją dawną sztywność jako uzupełnienie wakuoli.
Ze względu na rozmiar wakuoli w komórkach roślinnych, często zajmujących większość przestrzeni w każdej komórce, są one wykorzystywane do wielu funkcji, dla których komórki zwierzęce wykorzystują inne organelle. Na przykład, wakuole roślinne mają tendencję do kwasowości i zawierają enzymy, które działają jak te w lizosomach w komórkach zwierzęcych. Zawierają również wiele związków ważnych w obronie komórek. Czasami są nawet wykorzystywane do pułapkowania patogenów i substancji toksycznych. Ich znaczenie w komórkach roślinnych jest znacznie większe niż w komórkach zwierzęcych.
Pułapki roślinne mają jednak odmianę poza dużymi, wypełnionymi wodą, centralnymi wakuolami. Wiele owoców i nasion ma na przykład wakuole gromadzące białka. Niektóre rośliny używają nawet wakuoli do szybkich ruchów obronnych. Podczas gdy wakuole komórki roślinnej znacznie różnią się od wakuoli komórek zwierzęcych, mają kilka podobieństw do tych w algach, a nawet w drożdżach.
