Franciszkańscy księża założyli misję San Juan Capistrano, aby rozwinąć wpływy hiszpańskie w tym regionie i nawrócić ludność rdzenną na chrześcijaństwo. Gdy Meksyk stał się niezależny, lokalny gubernator sprzedał misję prywatnej rodzinie, ale po tym, jak Kalifornia stała się państwem, prezydent Abraham Lincoln zwrócił misję Kościołowi katolickiemu.
Ojciec Fermin Lasuen po raz pierwszy próbował założyć misję w 1775 roku, ale po usłyszeniu o powstaniu Indian w San Diego, kapłani zakopali misyjne dzwonki i opuścili teren. Ojciec Junipero Serra odzyskał dzwony i oficjalnie założył misję 1 listopada 1776 roku. Kiedy miejscowi Indianie, Juaneno, pomogli zbudować kościół i inne budynki, księża aktywnie im nawracali. Indianie, którzy zostali ochrzczeni, byli zobowiązani do zmiany swoich imion i zwyczajów społecznych, nauki języka hiszpańskiego i doktryny katolickiej oraz przestrzegania surowych zasad narzuconych przez kapłanów, w tym nie opuszczania misji bez pozwolenia. Do 1806 roku misja rozkwitała i liczyła ponad 1000 mieszkańców. Po tym okresie misja zaczęła spadać.
W 1812 r. trzęsienie ziemi zniszczyło kamienny kościół misji. W 1845 roku meksykański gubernator sprzedał misję swojemu szwagrowi, Johnowi Forsterowi, i był używany jako ranczo. Kalifornia stała się państwem w 1850 roku, aw 1865 roku Lincoln podpisał dokument potwierdzający własność z powrotem do Kościoła katolickiego. W ciągu XX wieku poddano ją gruntownej renowacji. Muzeum i kościół są na miejscu od 2015 r., A wielu odwiedzających przyjeżdża na coroczną migrację kapistańskich jaskółek.
