Jednym z największych osiągnięć w inżynierii genetycznej jest zwiększone wykorzystanie klastrowych, regularnie przeplatanych krótkich powtórzeń palindromowych lub CRISPR. Inżynierowie genetyczni byli w stanie używać CRISPR do regulacji i edycji genów.
CRISPR są ważną częścią bakteryjnych systemów odpornościowych i stały się jednym z najbardziej przydatnych narzędzi dla inżynierów genetycznych w ciągu ostatnich kilku lat. CRISPR pomogły naukowcom połączyć sekwencje wiodących RNA z innymi sekwencjami DNA w innym genomie. Umożliwiło to inżynierom genetycznym usuwanie, dodawanie lub modyfikowanie pewnych części sekwencji DNA.
Inżynierowie genetyczni są także optymistami, że CRISPR można stosować jako antybiotyk o wąskim spektrum działania. Oznacza to, że CRISPR mogą być potencjalnie wykorzystywane do celowego zwalczania szkodliwych bakterii i patogenów. Jest to duży postęp naukowy, ponieważ wielu naukowców z dziedziny inżynierii genetycznej uważa, że ludzie stają się znacznie bardziej odporni na antybiotyki.
CRISPR można modyfikować poprzez unieczynnienie nukleazy białka Cas9. Ta modyfikacja zmienia CRISPR w CRISPRi, co jest przydatne dla genetyków, ponieważ może być stosowany do blokowania transkrypcji genów. CRISPRi jest znacznie bardziej skuteczny niż inne podobne metody i może być stosowany do izolowania określonych sekwencji genetycznych, które mogą być szkodliwe.