Niektóre z mikroorganizmów najbardziej szkodliwych dla ludzkości to Staphylococcus aureus, Escheria coli, Enterococcus faecium i Pseudomonas aeruginosa. Mikroorganizmy wywołujące chorobę są nazywane patogenami.
Wszystkie bakterie, większość pierwotniaków i niektóre grzyby to mikroorganizmy. Termin "mikroorganizmy" jest używany do wskazania formy życia, która nie jest widoczna dla ludzkiego oka bez pomocy mikroskopu. Mogą to być pojedyncze komórki lub zbudowane z wielu komórek. Istnieją mikroorganizmy w każdym typie środowiska na Ziemi, ale istnieje więcej pożytecznych mikroorganizmów niż te szkodliwe. Inżynieria genetyczna obejmuje manipulację mikroorganizmami w celu stworzenia specyficznych cech większych organizmów.
