Klony japońskie są podatne na choroby takie jak antraknoza, więdnięcie wertykalne, plama tarowa, plamistość liści, plamistość liści i zgnilizna korzeni. Niektóre z tych chorób są potencjalnie śmiertelne, podczas gdy inne są zazwyczaj nieszkodliwe i tylko kosmetyczny.
Więdnięcie Verticillium jest jedną z najniebezpieczniejszych chorób japońskiego klonu. Spowodowane jest to grzybem żyjącym w glebie, bardzo trudnym do wykorzenienia. Grzyb atakuje drzewo poprzez swoje korzenie, czasami dotykając jednej strony drzewa, pozostawiając drugą nietkniętą. Więdnięcie Verticillium hamuje przepływ wody podczas produkcji toksyn. Liście z brązowymi marginesami rosną mniej niż normalnie, następnie więdną i spadają. W końcu drzewo umiera. Niektóre drzewa powracają do zdrowia, gdy uszkodzone kończyny są przycinane. Najlepszym sposobem zapobiegania chorobie jest przetestowanie gleby pod kątem obecności grzyba przed zasadzeniem w okolicy.
Antracnoza po raz pierwszy pojawia się jako brązowe plamy na liściach. W końcu drzewo rozwija puszki na gałęziach i pniu. Są to martwe obszary, które otaczają drzewo, a czasem go zabijają. Antraknoza jest również wywoływana przez grzyby, ale zgrabianie uszkodzonych liści, nawożenie, podlewanie i stosowanie fungicydu są skutecznymi krokami pomagającymi odzyskać drzewo.
Gnicie korzeni powoduje odbarwienie liści, zachorowanie i zahamowanie wzrostu, a ostatecznie może być śmiertelne. Plama tarowa, plamistość liści i liść przypalenia to wszystkie choroby, które wpływają na wygląd liści, ale nie są w inny sposób szkodliwe dla drzewa. Zgniatanie opadłych liści i opryskiwanie fungicydami pomaga kontrolować te choroby.
