Fizyczne różnice między aligatorami a krokodylami to kolor skóry, kształty szczęk i umiejscowienie zębów. Inne różnice obejmują ich otoczenie i agresywność.
Aligatory zazwyczaj mają ciemniejszą skórę niż krokodyle. Aligatory mają szerokie, okrągłe szczęki z dyszami w kształcie litery U. Krokodyle mają wąskie, spiczaste szczęki z dyszami w kształcie litery V. Szczęki aligatora są silniejsze niż szczęki krokodyla i pozwalają je jeść zdobycz z twardymi skorupami, podczas gdy szczęki krokodyla są zaprojektowane dla szerszego zakresu zdobyczy. Dolne zęby aligatora nie są widoczne, gdy jego usta są zamknięte, ponieważ górna szczęka jest szersza od dolnej szczęki. Górna i dolna szczęka krokodyla są równe pod względem wielkości, a znaczny czwarty ząb na dolnej szczęce znajduje się poza górną szczęką, gdy usta są zamknięte. Aligatory żyją w siedliskach słodkowodnych, podczas gdy krokodyle żyją w siedliskach słonowodnych, ponieważ gruczoł w ich językach pozbywa się soli. Dzikie aligatory żyją tylko w Stanach Zjednoczonych i Chinach. Dzikie krokodyle żyją na całym świecie. Krokodyle są bardziej agresywne. Istnieją różne gatunki aligatorów i krokodyli. Każdy gatunek jest wyjątkowy, więc istnieją pewne wyjątki od tych powszechnych różnic. Jednym z przykładów jest indiański krokodyl rabusiów, który ma szeroką szczękę podobną do aligatora, ale ma też czwarty ząb krokodyla.
