Efekty uboczne Mleka Mięśniowego obejmują przyrost masy ciała, wzdęcia, gaz, biegunkę i zaparcia, a wysokie dawki mogą prowadzić do toksyczności witaminy i metali ciężkich. Kultywacja mięśni wyjaśnia, że ponieważ każda porcja zawiera około 310 kalorii , przyrost masy ciała z nadmiernego spożycia występuje, gdy te dodatkowe kalorie nie są kompensowane. Muscle Milk zawiera również krystaliczną fruktozę, substancję słodzącą, która może powodować wzdęcia i gazy oraz biegunkę lub zaparcia w zależności od osoby.
Muscle Milk ma wysoki poziom zawartości metali ciężkich: kadmu, arsenu, rtęci i ołowiu, a według raportów konsumenckich, poziomy są jednymi z najwyższych spośród wszystkich proszków białkowych dostępnych na rynku. Agencja ds. Substancji Toksycznych i Rejestru Chorób wymienia arsen, ołów i rtęć jako trzy najbardziej niebezpieczne odpady. Toksyczność metalu może powodować niewydolność narządu i uszkodzenie mózgu. Zajmuje organizm do 20 lat, aby wyeliminować kadm, który również powoduje uszkodzenie nerek.
Magazyn Vitamin wyjaśnia, że Muscle Milk zawiera także dodatkowe witaminy, więc spożywanie więcej niż zalecana ilość może powodować toksyczność dla witamin. Witaminy A i D są szczególnie niepokojące, ponieważ są rozpuszczalne w tłuszczach, co oznacza, że organizm nie spłukuje ani nie wchłania nadmiaru ich ilości. Toksyczność tego rodzaju prowadzi do bólów głowy, nudności i wymiotów.