Dwie podstawowe wady energii hydroelektrycznej to wysoki koszt inwestycyjny i zależność od opadów. Elektrownie wodne mogą mieć negatywny wpływ na środowisko, mimo że nie powodują zanieczyszczenia, w tym utraty siedlisk rybnych, przemieszczania się ludności lokalnej i zalania otaczających terenów.
Elektrownia wodna wymaga zbiornika wodnego, którego wielkość zależy od wielkości generatorów hydroelektrycznych i topografii terenu. Utworzenie zbiornika negatywnie wpływa na otaczający go obszar poprzez zalewanie ziemi, która mogłaby zostać użyta zamiast rolnictwa. Ponadto ma szkodliwy wpływ na otaczającą przyrodę, ponieważ elektrownia powoduje zmianę temperatury wody i zmienia przepływ rzeki. Niektóre zbiorniki mogą prowadzić do nagromadzenia się metanu, który następnie uwalnia się do atmosfery.
Zbiorniki wpływają również na jakość wody za obiektem. Woda jest bardziej stagnacja niż normalnie, co prowadzi do zwiększenia poziomu osadów i składników odżywczych, które sprzyjają wzrostowi glonów i innych wodnych chwastów. Jeśli operatorzy nie będą w stanie okresowo uwolnić wystarczającej ilości wody ze zbiornika, poziomy wody w dole rzeki mogą znacznie spaść, zagrażając życiu zwierząt i roślin.
Wykorzystanie energii hydroelektrycznej wiąże się również z ryzykiem awarii zapory, co może mieć katastrofalny wpływ na późniejsze osiedla i infrastrukturę.
