Wady Human Genome Project, czyli HGP, obejmują liczbę ryzyk związanych z procedurami i dyskryminacją określonych cech. Ten projekt stwarza również problemy z moralnością dla każdego, kto otrzymuje leczenie.
Przyszli rodzice mogą w pewnym momencie wybrać cechy, które będą posiadały ich dzieci. Temperament i osobowość, wzrost i typ ciała mogą być wszystkie możliwe do określenia i dopóki nauka nie będzie pewna skutków ubocznych, problemy zdrowotne mogą pojawić się u tych osób, których DNA zostało ściśle zsekwencjonowane. Inną wadą HGP jest możliwość wykorzystania go jako dyskryminacji rasowej
