Najbardziej widoczną wadą sztucznie wybranych gatunków jest to, że są one bardzo podatne na choroby. Ponieważ hodowane są pewne cechy, zróżnicowanie w obrębie gatunku jest znacznie zmniejszone, co powoduje, że stają się bardzo wrażliwe na zmiany w środowisku, w tym czynniki biotyczne i abiotyczne.
Sztuczna selekcja może mieć również nieprzewidziane konsekwencje, jak w przypadku afrykańskich pszczół miodnych, znanych również jako pszczoły mordercze. Podczas gdy pszczoły były hodowane w celu wytworzenia większej ilości miodu, cechy, które spowodowały wzrost agresywności, zostały również przypadkowo przekazane. Spowodowało to śmierć kilku osób, ponieważ pszczoły stawały się coraz bardziej defensywne.
Selektywna hodowla, inna nazwa dla sztucznej selekcji, może również mieć szkodliwy wpływ na sam gatunek, jak widać na krzyżowaniu psów w celu utrzymania tak zwanej czystości niektórych ras. Niektóre rasy psów mają wiele pozornie nieodłącznych powikłań, takich jak dysplazja stawu biodrowego i krótszy czas życia.
W innych przypadkach, takich jak banan, sztuczna selekcja stworzyła hybrydy, które są bardzo podatne na bezpłodność. Oznacza to, że gatunek nie jest w stanie rozmnażać się na wolności, co zwiększa ryzyko wyginięcia, ponieważ pojedyncza choroba może skutecznie zniszczyć cały gatunek.
