Negatywne aspekty klonowania obejmują powikłania rozwojowe, nieprawidłowe geny i niski odsetek powodzeń. Istnieje również możliwość, że ludzki klon nie byłby w stanie w pełni zintegrować się z rolami rodzinnymi i społecznymi.
Klonowanie jest w dużej mierze nieskuteczne, ponieważ proces transferu jądra komórki somatycznej jest problematyczny. Ogólny wskaźnik sukcesu transferu jądra wynosi od 0,01 do 3 procent. Istnieje również wysoki wskaźnik niepowodzenia w przypadku ciąż wynikających z klonowania. Innym czynnikiem ryzyka jest to, że jajo i jądro nie tworzą się spójnie, aby zakończyć proces klonowania.
Zwierzęta, które są klonowane, wydają się być większe niż ich niesklonowane odpowiedniki. Nazywa się to Dużym Syndromem Potomków, a zwierzęta cierpiące na to są podatne na duże narządy, co powoduje powikłania oddechowe i krwawienia. Sklonowane zwierzęta również cierpią na problemy immunologiczne, mózgowe i nerkowe.
Istnieje również prawdopodobieństwo, że klony starzeją się szybciej ze względu na już zużyte przeniesione jądro. Naukowcy obawiają się, że chromosomy mogą mieć upośledzone właściwości, które prowadzą do zwiększonego starzenia. Eksperci ostrzegają także o komplikacjach rozwojowych, które mogą wynikać z tego problemu.
Wielu zadaje pytania na temat deformacji, które mogą wystąpić również w klonowaniu ludzi, a klonowanie ludzi rodzi pewne pytania etyczne. Na przykład, przeciwnicy twierdzą, że ludzkie klony nie byłyby faktycznie pozbawione samostanowienia, ponieważ oczekuje się, że będą zachowywać się jak ich genetyczne oryginały.
