Ludzki mózg składa się z kilku części, a każda z nich ma wyraźne zabarwienie. Powierzchnia kory jest często nazywana szarą materią, aby odróżnić ją od nerwów otoczonych mieliną pod spodem, które są znacznie jaśniejsza biel.
Zwoje podstawne neuronów zawierają specjalny pigment, zwany neuromelaniną, który barwi je na czarno. Obszary te nazywane są substantia nigra, czyli "czarna materia" po łacinie. Mózg jest również silnie unaczyniony przez rozbudowane sieci naczyń krwionośnych zasilających każdą jego część. Krew w tych naczyniach nadaje czerwonawy lub różowy odcień większości tkanek żywego mózgu.
