Historycy nie są pewni, kim byli rodzice Juana Ponce de Leona, ale wierzą, że był spokrewniony z Rodrigo Ponce de Leon, markizem z Cadiz. Nawet jego dokładny rok urodzenia jest kwestionowany, ponieważ początkowo sądzono, że urodził się w 1460 roku, podczas gdy inne dowody sugerują, że urodził się w 1474 roku.
Ponce de Leon uważa się również za spokrewnionego z rodziną Nunez de Guzmana. W swoich wczesnych latach pracował jako giermek dla Pedro Nuneza de Guzmana, który był dowódcą rycerzy Orderu Calatravy. Według hiszpańskiego historyka Gonzalo Fernandeza de Oviedo y Valdes, Ponce de Leon stał się doświadczonym żołnierzem podczas swoich wczesnych lat, kiedy pomagał pokonać Maurów w Granadzie.
