Według relacji z ustnej historii Hidatsy, matką Sacagawea była Otter Woman, a jej ojciec był Smoked Lodge. Ta informacja została dostarczona przez Hidatsę o imieniu Bulls Eye, która twierdziła, że jest wnukiem Sacagawea.
Niewiele wiadomo o wczesnym życiu Sacagawea, poza tym, że dorastała jako część plemienia Shoshone i została porwana przez plemię Hidatsa. Sacagawea mieszkała wśród ludzi Hidatsa, dopóki nie poślubiła francuskiego handlowca z Kanady, Toussainta Charbonneau.
Bulls Eye zakwestionował twierdzenie, że Sacagawea była Shoshone i twierdziła, że naprawdę pochodziła z Hidatsa. Niezależnie od tego, która wersja jest prawdziwa, nie ma dalszych informacji o jej rodzicach.