Najbardziej znanym przywódcą konfederackich sił zbrojnych był Robert Edward Lee, który zaczął dowodzić Armią Konfederacji Północnej Wirginii 1 czerwca 1862. Został naczelnym wodzem wszystkich sił Konfederacji 31 stycznia 1865 roku, wkrótce poddał się generałowi Unii Ulysses S. Grant 29 marca 1865 roku.
Generał Thomas Jonathan Jackson, znany jako Stonewall Jackson, był odpowiedzialny za zwycięstwo podczas Pierwszej Bitwy o Bull Run, Antietam, Fredericksburg i Harpers Ferry. Zmarł podczas bitwy pod Kanclerzem w dniu 2 maja 1863 roku. Samuel Cooper, Joseph E. Johnston i Nathan Bedford Forrest, którzy później założyli Ku Klux Klan, byli także przywódcami armii konfederackiej.
