Według Encyklopedii Narodów Świata, Europejskim odkrywcą Filipin był Ferdinand Magellan. Odkrył on Filipiny 15 marca 1521 r. Dowody na zamieszkiwanie ludzi na wyspach sięgają aż tak daleko, jak 250 000 lat temu.
Eksperci uważają, że Negritos przekroczyli lądowe mosty z Borneo i Sumatry na Filipiny około 30 000 lat temu. Malajowie byli później migrantami z południa, w końcu przewyższali liczbę Negritos. Arabscy handlowcy nawiązali kontakt z południowymi wyspami filipińskimi w XIV wieku. Magellan próbował zdobyć wyspy dla Hiszpanii po odkryciu ich w 1521 roku, ale został zabity w bitwie przez Filipińskiego wodza Lapulapu. Hiszpania rozpoczęła inwazję na wyspy w 1565 roku.