Howard Garns, niezależny twórca puzzli, wynalazł Sudoku w 1979 roku, chociaż nazwał to "miejscem numeracji". Podobne zagadki były powszechne w XVIII wieku w Szwajcarii, a później we Francji.
Chociaż gra została wymyślona w Connorsville w stanie Indiana, po raz pierwszy pojawiła się w Japonii i zyskała na popularności, zanim została przemianowana na Sudoku. Sędzia z Nowej Zelandii, Wayne Gould, odkrył grę podczas pobytu w Tokio i opracował program komputerowy, który tworzył sudoku. W 2004 roku gazeta The Conway z New Hampshire zaczęła przedstawiać Sudoku, a popularność tej puzzli od tego czasu wzrosła w Stanach Zjednoczonych i na całym świecie.
