Antagonizm drobnoustrojowy to metoda wykorzystywania ustalonych hodowli mikroorganizmów w celu zapobiegania wtargnięciu obcych szczepów. Po wprowadzeniu do już skolonizowanego środowiska, inwazyjny szczep bakterii ma tendencję do nieurodzaju i może całkowicie wymarły.
Przykładem antagonizmu drobnoustrojów w organizmie człowieka jest odporność ustalonych bakterii jamy ustnej na nowe szczepy, które można wprowadzić poprzez kontakt usta-usta. Na przykład po pocałunku nowe bakterie są wprowadzane do wrogiego środowiska obcej jamy ustnej. Tam wzrost bakterii inwazyjnych jest hamowany przez związki przeciwdrobnoustrojowe wydzielane przez rodzimą florę, a także przez ścisłą rywalizację o zasoby.
