Liczba protonów w jądrze atomu określa jego liczbę atomową. Każdy element na układzie okresowym ma różną liczbę protonów w swoim jądrze i własną liczbę atomową.
Na przykład pierwiastek chloru zawiera 17 protonów w jądrze, więc ma liczbę atomową równą 17. W zależności od układu określonego układu okresowego, liczba atomowa jest zwykle wymieniona w górnym lub dolnym lewym rogu. Inną podaną liczbą jest masa lub masa atomowa pierwiastka, która jest miarą całkowitej liczby protonów i neutronów w jądrze. Masa atomowa chloru wynosi 35, co oznacza, że oprócz 17 protonów ma 18 neutronów.
O ile liczba atomowa technicznie odnosi się do liczby protonów w jądrze atomu, mówi również, ile elektronów zawiera atom poza jądrem. Dzieje się tak dlatego, że liczba elektronów jest zawsze równa liczbie protonów, ponieważ elementy teoretycznie nie mają ładunku elektrycznego. Jednak atom może stać się dodatnio lub ujemnie naładowany przez pozyskanie lub utratę elektronu. Kiedy tak się dzieje, obok symbolu chemicznego umieszcza się znak plus lub minus, aby go oznaczyć. Negatywnie naładowana cząsteczka chloru byłaby zapisana jako Cl -.