Pterodaktyle były mięsożernymi stworami, które żywią się głównie rybami. Ich długie usta zawierały około 90 zębów, umożliwiając im łatwe chwytanie ryb i szybkie żucie ich na małe kawałki, które były łatwe do strawienia. W przeciwieństwie do tego, co powszechnie uważa się, pterodaktyle latały gady, a nie ptaki, a współczesne ptaki nie wyewoluowały z nich.
Pterodaktyle żyły w okresie jurajskim. Wielkie masy lądowe rozbijały się na kontynenty w tym czasie, powodując powstawanie nowych oceanów, a także duże morza śródlądowe. Poziom morza znacznie wzrósł w tym okresie z powodu gór tworzących się na dnie oceanu. W związku z tym życie morskie było obfite i zróżnicowane, a drapieżniki ewoluowały proporcjonalnie.
Pterodaktyle także zjadały małe gady i owady, szczególnie gdy były młode, ale ryby i inne morskie życie było podstawą ich diety. Jako padlinożercy jedli także martwe zwierzęta. Byli całkowicie mięsożerni i wcale nie jedzą żadnego rodzaju roślin.
Skamieniałości pterodaktylowe zostały odkryte w obfitości w bawarskim regionie dzisiejszych Niemiec. W okresie jury region ten składał się głównie z bagien i mokradeł i był ustawiony na skraju morza. Skamieniałości pterodaktylów znaleziono w wielu innych częściach świata, ale skamieniałości znalezione w Bawarii należą do najlepiej zachowanych.
Zdarzenie ekstynkcji, które miało miejsce w okresie kreteńsko-paleogeńskim, poważnie wpłynęło na życie morskie na poziomie światowym, co oznacza, że źródła żywności dla pterodaktyli stały się w tym czasie bardzo ograniczone.
