Kwaśny deszcz zagraża i niszczy ekosystem. Może hamować wzrost drzew, zmieniać kwasowość wody i powodować uwalnianie toksycznych substancji z gleby, szkodząc wielu zwierzętom wodnym i żywym organizmom. Osłabia także materiały i przyspiesza naturalną erozję konstrukcji betonowych.
Efekty kwaśnego deszczu są bardziej namacalne w środowisku wodnym, takim jak mokradła, rzeki, jeziora i strumienie. Większość wód powierzchniowych ma poziom pH od 6 do 8; kiedy kwaśne deszcze padają bezpośrednio na wodę lub uciekają z lądu i docierają do strumieni, wzrasta kwasowość wody. Ciało wody o niskim pH nie może utrzymać nowego życia. Bagna, z ich wrażliwymi ekosystemami, mogą najbardziej ucierpieć z powodu utraty gatunków ryb, ponieważ zwierzęta w takich ekosystemach zależą od siebie nawzajem, aby się rozwijać.
Kwaśne deszcze również zapobiegają zdrowemu rośnięciu i drzewom. Gdy kwaśne deszcze opadają na liście, to niwelują ochronną powłokę liści i zapobiegają ich odpowiednio fotosyntezie. Ponieważ kwaśny deszcz spływa do ziemi, aktywuje szkodliwe substancje, takie jak aluminium, w glebie, a następnie trafia do strumieni i jezior. Kwasowy deszcz rozpuszcza również składniki odżywcze i minerały w glebie, które pomagają w promowaniu wzrostu roślin i drzew.
