Podwzgórze pełni kilka funkcji, z których główną jest homeostaza. Inne funkcje to wytwarzanie hormonów i kontrolowanie niektórych gruczołów, w tym przysadki i nadnercza. Homeostaza to sposób, w jaki organizm kontroluje takie autonomiczne procesy, takie jak zrównoważona temperatura, oddychanie i ciśnienie krwi.
Podwzgórze ma wielkość perłową i bierze udział w innych procesach, takich jak cykl snu i czuwania oraz funkcja motoryczna. Podwzgórze, ze względu na swoją rolę w wytwarzaniu hormonów, może wpływać na emocje człowieka, szczególnie w obszarach głodu, popędu seksualnego, nastroju i pragnienia. Podwzgórze używa punktu nastawy ciała, aby dokonać regulacji w różnych systemach autonomicznych.