Epoka puszczozoiczna, która w ciągu kilku milionów lat oznaczała pojawienie się niemal wszystkich gromad zwierzęcych, zakończyła się masowym wymarciem. Masowe wymieranie było wirtualnym przeciwieństwem tego, co zapoczątkowało epokę, z ponad 90 procent życia na świecie zostało wymazanych. Odzyskiwanie po tym masowym wyginięciu trwało prawie 30 milionów lat.
Istnieje wiele podrozdziałów w erze paleozoiku, rozbijając miliony lat na mniejsze części. Koniec ery paleozoicznej nazywany jest erą permu. W tej epoce doszło do licznych zmian klimatycznych oraz wahań poziomu dwutlenku węgla i tlenu. Istnieje wiele hipotez na temat tego, co spowodowało wyginięcie pod koniec ery permu, w tym wypuszczanie wody z wodorosiarczanu, ogromny meteor na Antarktydzie, a nawet wszystkie możliwości połączone w jedno.
