Nisza zwierząt odnosi się do jej miejsca w ekologicznym łańcuchu pokarmowym, a nisza kojota jest na szczycie łańcucha pokarmowego, ponieważ nie ma wielu, jeśli w ogóle, drapieżników. Kojot jest okrutny drapieżnik, który żeruje na wielu zwierzętach, co prowadzi do zmniejszenia populacji zwierząt małych drapieżników, takich jak jeleń i rudy lis.
W niektórych rejonach Stanów Zjednoczonych populacje kojotów wzrosły do punktu, w którym kojoty ograniczają populacje naturalne w niezdrowy sposób, ponieważ populacje kojotów rosną zbyt duże dla miejsc, w których żyją. Kojoty zaczynają pojawiać się na obszarach miejskich, ponieważ są skrępowane, jeśli chodzi o pozyskiwanie nowej żywności.
